佩皮尼昂大学最早是由巴塞罗大伯爵皮埃尔先生于1350年建立，是法国最古老的综合性大学之一。从建校开始时至今，多学科性一直是学校的重要特征之一。1380年开设医学、法学、艺术类课程，1447年增设神学。与法国其他学校一样，佩皮尼昂大学在1793年法国大革命时期关闭，1957年再度开放，在蒙波利埃大学旗下开设法学、艺术和科学三大学科。1979年成为一所完全独立的大学。佩皮尼昂大学采用欧洲普遍的学制划分标准，将其教育划分为本科、硕士、博士三个阶段，其中硕士教育为学生提供了两种选择：“专业型硕士”和“研究型硕士”。
